Program Pascasarjana Magister Sistem Komputer (S2) adalah satu-satunya yang ada di Indonesia Timur dan satu-satunya di Indonesia untuk Magister Jurusan Sistem Komputer. Izin Penyelenggaraan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor : 126/E/O/2013 Tanggal 18 April 2013. Lulusan Program Pascasarjana Komputer ini akan mendapat gelar M.Kom (Magister Komputer).

TUJUAN UMUM DAN KHUSUS
a. Menghasilkan lulusan yang mampu dan menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi informatika dan komputer untuk menunjukkan kegiatan produktif dan pelayanan kepada masyarakat.
b. Untuk mengkaji dan mengembangkan ilmu dasar dan terapan serta penguasaan metodologi penelitian dibidang teknologi informasi dan komputer sehingga mampu berfikir dan bertindak sebagai ilmuan yang paripurna.
c. Untuk mengembangkan, menyebarluaskan penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi serta pembinaan dan pemberian jasa pelayanan profesional kepada masyarakat dalam rangka pemberdayaan sumber daya alam dan sumber daya manusia dibidang teknologi, informasi dan komputer.
SISTEM PENDIDIKAN
Program Magister Sistem Komputer dilaksanakan dengan sistem satuan kredit sebanyak 45 SKS yang terdiri dari atas 12 SKS mata kuliah wajib, 17 SKS mata kuliah wajib minat, 10 SKS mata kuliah piliahan dan 6 SKS tesis. Perkuliahan dilakukan selama 20 bulan yaitu, 2 bulan matrikulasi, 16 bulan kuliah magister (4 kuartal) dan 2 bulan (benchmarking penelitian dan penyelesaian tesis).

SYARAT PENDAFTARAN
a. Warga Negara Indonesia
b. Untuk warga negara asing harus menunjukkan surat izin dari Ditjen DIKTI Kemdikbud Republik Indonesia.
c. Berindeks Prestasi minimal 2,75 atau pengalaman kerja yang memadai.
d. Sehat jasmani dan rohani, tidak memiliki ketunaan yang dapat mengganggu kelancaran dalam melaksanakan tugas yang sesuai dengan program studi pilihan.
e. Surat rekomendasi dari 2 orang dosen berkualitas Doktor atau Magister.
f. Menyerahkan selip bukti pembayaran untuk mendaftar sebesar Rp. 500.000,- yang disetor langsung ke sekretariat pendaftaran program magieter sistem komputer STMIK Handayani.
g. Fotocopy ijazah dan transkip akademik yang telah dilegalisir masing-masing 1 lembar.
h. Bagi lulusan luar negeri foto copy ijazah dan transkip akademik telah dilegalisir oleh Dirjen Dikti.
i. Menyerahkan Pas Foto berwarna ukuran :
– 2 x 3 sebanyak 4 Lembar
– 3 x 4 sebanyak 4 Lembar
– 4 x 6 sebanyak 4 Lembar
j. Mengisi dan menyerahkan formulir pendaftaran ke sekretariat program magister sistem komputer STMIK Handayani.